Primero creamos un archivo Winrar nuevo y lo abrimos

Le damos a añadir y añadimos el archivo que queremos proteger. Cuando lo estamos guardando, tenemos una ventana ¿no?, pues le damos a Avanzado, y nos sale esto:

Bien, ahora le damos al botón que trae Establecer contraseña y nos sale esta ventana:

Donde dice introduzca contraseña ponemos la contraseña con la que queremos encriptar nuestro archivo y abajo la volvemos a escribir. Finalmente le damos a aceptar, y ya tendremos nuestro archivo protegido.

Os pongo un ejemplo adjunto, la contraseña es: 
Webmaster