Hola...

Mira, no se si uses Wordpress en un servidor propio, o hayas creado un blog en Wordpress.com, en ambos casos se hace de la misma manera...

Eso de archivo, categorías, blogroll y meta lo quitas entrando al panel de administración de blog, y allí eliges "Diseño", y en él vas a Widgets y los quitas...

SIn embargo, debes tener en cuenta que algunos skins pueden manejarlo de una forma diferente, pero en el fondo es lo mismo... (Woordpress 2.5 ó 2.6)...

En cuanto a lo otro, no conoczco ningún Software que administre 100% tu blog, pero si existen programas que permiten "Publicar" cosas a tu blog...

Yo uso Firefox, y un complemento llamado "ScribeFire", que permite que hagas tus publicaciones en él, y las pongas en Wordpress...
Realmente te lo recomiendo, pues puedes suarlo como una pestaña y así no te incomoda, yo lo uso para hacer publicaciones en dos blogs de Wordpress, y es muy útil...

Otra opción es usar Flock, que es un navegador basado en Firefox, pero optimizado para cosas "sociales" como FAcebook o Flickr, pero también esta optimizado para Wordpress e incluye una herramienta para publicar en blogs

Complemento ScribeFire

Flock

No conozco mas herramientas, ojala estas te sirvan...

Suerte

Estube revisando y las cosas y las cosas de la barra lateral solo se van si agrego un elemento, si borro todos vuelve a aparecer las que estan por defecto, asi que voy a ponerle algunas cosas y ya esta.
Muchas gracias por la informacion.